可可西里是中国甚至是世界湖泊分布最为密集的地方，它与三江源自然保护区相接。属于羌塘高原内流湖区和长江北源水系交汇地区。东部为楚玛尔河水系组成的长江北源水系，西部和北部是以湖泊为中心的内流水系。因此在这片土地上，有大片沼泽地和众多瑰丽迷人的湖泊。

   在可可西里，面积1平方公里以上的湖泊有107个，200平方公里以上的湖泊7个，1平方公里以下的湖泊有7000多个，湖泊分布率7.5%，总面积约3825平方公里，已接近世界上湖泊分布率最高的“千湖之国”芬兰。，因此被称为“千湖之地”。

    一、乌兰乌拉湖

    乌兰乌拉湖在可可西里自然保护区核心区的南部。在长江源保护区的西南部。它的东方是乌兰乌拉山，再东方是沱沱河。它是可可西保护区内最大的湖。

    乌兰乌拉湖是地处羌塘盆地北缘的一个大型咸水湖及毗邻的沼泽地，该湖有深锯齿状的湖岸及几个大的岛屿，是由北、西、东三个湖以环状排列而成，北湖狭长，东、西两湖面积差不多，面积为610平方公里，海拔4900-5300米。乌兰乌拉湖周边补给水系的水源有高山冰帽冰川消融水和中一新生代碎屑岩系的泉线涌水，其南面分布有等马河，其西南面分布有跑牛河、熊鱼河，其西面分布有天水河等，其东面尚有一些季节性河流。季节性补给水量对湖流及湖水更替周期有一定影响。

    乌兰乌拉湖水温低，封冰期达六个月；湖中鱼类很丰富，鲤科的裂腹鱼是最常见的优势种，这些鱼不仅在漫长的冬季在洞里休眠，而且在夏天部分时期也休眠以躲避白天强烈的太阳辐射和晚上的低温。

    二、可可西里湖

    可可西里湖，位于青海省玉树藏族自治州治多县西部的五道梁乡的西部，是可可西里自然保护区的中心区域；地理坐标为东经91°07′，北纬35°34。属高寒冻土地带的寒冷气候，湖区附近是荒漠沼泽草原地带。

    可可西里湖东西长37.8km，宽13.5km，面积299.9平方公里,湖面海拔4878km。

    可可西里湖盆接受大气降水和地表水补给，主要是雪山溶化水的补给。湖水丰富，矿化度2562.5mg/L，相对密度1.002，pH值8.70，水化学类型为硫酸盐型硫酸镁亚型。湖水含盐量偏低，仅在干旱季节，湖湾或湖水边缘有少量白色粉末状石盐、芒硝等盐类沉积，但数量较少。

    三、勒斜武担湖

    勒斜武担湖，位于玉树藏族自治州治多县，昆仑山东段和可可西里山间一狭窄的断陷盆地内。长29.0km，最大宽11.3km，，面积227.0平方公里。海拔4 867km。

    湖区属羌塘高原寒带干旱气候，年均气温-10℃~-8℃，年降水量100~150mm。集水面积1 680.0km2，补给系数7.4。湖水主要依赖冰雪融水径流和泉水补给，入湖河流中东泉河最大，长30.0km，源于马兰雪山，冰雪覆盖面积约13.0km2，汇冰雪融水和泉水；次为西岸入湖的无名河，长38.0km，源于东岗扎日冰川北坡，上游汇冰川融水，下游纳泉水，水量较丰。据1989年7月调查，卤水密度1.093，透明度1.0m（水深1.5m）；pH值7.00，矿化度135.26g/L，阳离子Na 、K 、Mg2 、Ca2 含量分别为44 755.4、2 320.0、2 191.7、2848.0mg/L，阴离子Cl-、SO42-、CO32-、HCO3-含量分别为81 086.3、2 112.2、9.1、166.3mg/L，属氯化物型盐湖；Li、B含量171、88.0mg/L。湖区植被为苔草和紫花针茅草草原。

    四、卓乃湖

    卓乃湖是一个音译过来的地名，藏族同胞把藏羚羊叫：Zu ，卓乃湖就是藏羚羊聚集的地方。卓乃湖位于可可西里国家级自然保护区境内，是国家一级保护动物藏羚羊每年6月至7月集中产仔的主要地区。

   卓乃湖目前尚无道路通行， 这里海拔近5000米，湖水面积256平方公里，气候严寒，风大地湿，最低气温达零下41℃，8级以上大风日数每年在200天以上。

    五、库塞湖(库赛淖尔）

    库赛湖是离109国道比较近的一个湖，位于青海省玉树藏族自治州治多县五道乡境内；地理坐标为东经92°37′-93°03′，北纬35°33′-35°50′。湖面海拔4470m，湖区附近是荒漠草原地带。

    库赛湖接受大气降水和地表河水补给，主要常年性河流有发源于昆仑山南坡五雪峰（5577m）和大雪峰（5863m）的库赛河（库赛郭勒），河流长120m，从湖泊西南角注入库赛湖中。库赛湖湖水丰富，矿化度偏低，但在干旱季节湖湾附近或盐湖岸边有少量石盐沉积。