蘑菇的繁殖有两种方式：一种是无性繁殖，就是直接通过菌丝体进行繁殖；另一种是有性繁殖，当菌丝生长的一定的程度，形成子实体，子实体成熟后，形成孢子，然后通过孢子进行繁殖。在有性繁殖的过程中，孢子的保护与传播对菌类繁衍后代有着及其重要的意义。那么这些菌类是怎么保护和传播自己的孢子的呢？

    以子囊菌来说，其子囊孢子均埋于子囊内受到很好的保护，所以它们的子囊大多长在菇体表面，方便孢子顺利散到空气中。有些子囊壁的壁层为原始壁，壁薄，当菇体成熟后，壁层便直接破裂释放孢子；有些壁层为单层壁，子囊的内层外层紧密结合，孢子成熟时自顶端的孔口、裂缝或盖子处开裂而释放；另外还有一些更高等的子囊菌，其子囊具双层壁，孢子成熟时，内层吸水膨胀至原来的两倍以上，外层顶部崩解，内层以孔口开裂，孢子则自孔口散出。

    对担子菌来说，腹菌类的孢子包裹于菇体内受到保护，等到成熟后再由表面的裂口散出。其他多数的担子菌，因孢子直接长在担子柄的表面，与空气直接接触，虽然方便释放，却少了一层保护，所以它们的子实层大多生长在向地的一面或侧面。

    此外，多少担子菌的菌盖形状就像流线型的机翼。这样当气流从菌盖上方通过时，上面会产生加速的气流，下面的气流速度则较慢，因此产生向上推挤的压力，将散出的孢子吸引上去，如此一来，轻盈的孢子便不会只掉落在附近的地表，而有机会往更远的地方扩散传播出去，避免了近亲交配的问题，让其子孙能更加绵延不觉。

    孢子成熟后，大多数的担子菌或子囊菌会借助压力将孢子主动弹射出去，如杯状或盘状的子囊菌，其子囊内除子囊孢子外，还充满着如羊水般的液体，所以一旦孢子成熟，子囊内的液压便可让孢子瞬间成群自动射出，因此可以看到菇体上方出现雾状的孢子云。

    此外有些菇类孢子则是以被动的方式，借助风、水、昆虫、及其他动物传播到很远的地方，如靠风雨传播孢子（多数褶菌类），或孢子本身带有粘液可以附着在昆虫体表（如鬼笔科），或是菇体本身散发特殊气味吸引动物咬食（如香菇）等，这些传播方式对于蘑菇领土的扩张非常重要。